संस्कृत विश्वविद्यालयमा अनुसन्धान तथा सम्पादनसम्बन्धी सम्पूर्ण कार्यहरूको व्यवस्थापन, सञ्चालन, नियन्त्रण र स्तरोन्नति गर्ने उद्देश्यले २०४८ सालमा अनुसन्धान केन्द्र स्थापना भएको हो । यस केन्द्रमार्फत् हाल उपाधिमूलक तथा निरुपाधिक गरी दुई प्रकारका अनुसन्धानात्मक कार्यक्रमहरू सञ्चालित छन् । अनुसन्धान केन्द्रको प्रमुख पदमा कार्यकारी निर्देशक रहने व्यवस्था छ ।
अनुसन्धान केन्द्रले सञ्चालन गर्ने कार्यक्रमहरू यसप्रकार छन्ः
४.१ उपाधिमूलक कार्यक्रम
नेपाल संस्कृत विश्वविद्यालय अनुसन्धान केन्द्रद्वारा सञ्चालित उपाधिमूलक कार्यक्रममा विद्यावारिधि (पिएच्.डी.) कार्यक्रम रहेको छ । शास्त्रीय विषयअन्तर्गत ऋग्वेद, यजुर्वेद, सामवेद, अथर्ववेद, व्याकरण, नव्यन्याय, प्राचीनन्याय, साहित्य, सिद्धान्तज्योतिष, फलितज्योतिष, इतिहास पुराण, पूर्वमीमांसा, शाङ्करवेदान्त, धर्मशास्त्र, सर्वदर्शन, तन्त्रयोग, बौद्धदर्शन, प्राच्यराज्यशास्त्र, वास्तुशास्त्र, योगदर्शन, आयुर्वेदजस्ता विभिन्न विषयमा विद्यावारिधि कार्यक्रम सञ्चालित छ । त्यस्तै आधुनिक विषयक्षेत्रका सबैजसो विषयमा विद्यावारिधि कार्य गराउने गरिएको छ भने आधुनिक विषयमा विद्यावारिधि गराउँदा संस्कृत वाङ्मयसँग सम्बद्ध शोधशीर्षक हुनुपर्ने व्यवस्था छ । हालसम्म यस अनुसन्धान केन्द्रबाट २०० जनाले विद्यावारिधि उपाधि प्राप्त गरिसकेका छन् भने २ सय २५ जना शोधार्थीले अनुसन्धान गरिरहेका छन् ।
४.२ निरुपाधिक कार्यक्रम
नेपाल संस्कृत विश्वविद्यालय अनुसन्धान केन्द्रले विभिन्न निरुपाधिक कार्यक्रमहरू सञ्चालन गरिरहेको छ । नेपालका विभिन्न भाषाभाषी समुदायका धर्मसंस्कृति, परम्परा, सदाचार, नैतिकमूल्य र मान्यताका साथै विशेषगरी लोपोन्मुख संस्कृति एवम् भाषाहरूका बारेमा अनुसन्धान गराउनका लागि निरुपाधिक कार्यक्रमहरू सञ्चालन गरेको हो । यस्ता कार्यक्रमहरूमा ग्रन्थ–सम्पादन, अनुवाद, प्रकाशन, शोधार्थीको क्षमता वृद्धि, भौतिक सुविधा विकास आदि रहेका छन् ।